Genetische Marker
Molekulargenetische Marker sind eine Möglichkeit, Verwandtschaftsverhältnisse zwischen Arten, Populationen, Varianten oder sogar Individuen nachzuweisen. Daher erfordern unterschiedliche Analyseziele unterschiedliche Arten von genetischen Markern.
Innerhalb unserer Gruppe arbeiten wir hauptsächlich an SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) und Mikrosatellitenmarkern und analysieren Beziehungen zwischen verschiedenen Inzuchtlinien (bei Mais) sowie zwischen verschiedenen Arten.
SNPs
Einzelnukleotidpolymorphismen (SNPs) sind eine weit verbreitete Art von genetischen Markern. Sie werden z.B. genutzt, um zwischen verschiedenen Variationen oder Individuen derselben Art zu unterscheiden.
Zusammen mit der Hochholdinger-Gruppe (INRES – Crop Functional Genomics) haben wir an Expressionsmustern in Mais gearbeitet, wo wir SNPs verwendet haben, um Single-Eltern-exprimierte (SPE) Gene zu identifizieren.
Die Ergebnisse dieser Analysen sind in den folgenden Papern veröffentlicht:
- Baldauf et al.: Single-parent expression is a general mechanism driving extensive complementation of non-syntenic genes in maize hybrids. Current Biology, 28(3):431-437, 2018. doi:10.1016/j.cub.2017.12.027.
- Baldauf et al.: Robust nonsyntenic gene expression patterns in diverse maize hybrids during root development. Journal of Experimental Botany, 71(3):865-876, 2020. doi: 10.1093/jxb/erz452.
Mikrosatelliten
Eine andere Art von häufig verwendeten genetischen Markern sind Mikrosatelliten. Mikrosatelliten sind kurze DNA-Fragmente (meistens bis zu sechs Basenpaare), die sich typischerweise 5-50 Mal wiederholen. Sie werden auch als Short Tandem Repeats (STRs) oder Simple Sequence Repeats (SSRs) bezeichnet.
In unserer Gruppe beziehen sich die durchgeführten Analysen mit Mikrosatelliten auf einen evolutionsweiten Satz von Genomsequenzen und suchen nach gemeinsam konservierten Mustern innerhalb des gesamten Baums des Lebens, der von Pflanzen (z. B. Gerste) über Insekten (z. B. Drosophila) bis hin zu Säugetieren (z. B. Rindern) reicht).